Ordem dos Jesuítas
No ano de 1540, o papa Paulo III aprovou a criação da ordem dos jesuítas ou Companhia de Jesus, fundada pelo militar espanhol Inácio de Loyola, em 1534.
Inspirando-se na estrutura militar, os jesuítas consideravam-se os "soldados da Igreja", cuja missão era combater a expansão do protestantismo. O combate deveria ser travado com as armas do espírito, e para isso Inácio de Loyola escreveu um livro básico, Os Exércitos Espirituais, propondo a conversão das pessoas ao catolicismo, mediante técnicas de contemplação.
A criação de escolas religiosas também foi um dos instrumentos da estratégia dos jesuítas. Outra arma utilizada foi a catequese dos não-cristãos, com os jesuítas empenhando-se em converter ao catolicismo os povos dos continentes recém-descobertos. O Objetivo era expandir o domínio católico para os demais continentes.
Concílio de Trento
No ano de 1545, o papa Paulo III convocou um concílio (reunião de bispos), cujas primeiras reuniões foram realizadas na cidade de Trento, na Itália. Ao final de longos anos de trabalho, terminados em 1563, o concílio apresentou um conjunto de decisões destinadas a garantir a unidade da fé católica e a disciplina eclesiástica.
Reagindo às idéias protestantes, o Concílio de Trento reafirmou diversos pontos da doutrina católica, como por exemplo:
I. a salvação humana: depende da fé e das boas obras humanas. Rejeita-se, portanto a doutrina da predestinação;
II. a fonte da fé: o dogma religioso tem como fonte a Bíblia (cabendo à Igreja dar-lhe a interpretação correta) e a tradição religiosa (conservada e transmitida pela igreja). O papa reafirmava sua posição de sucessor de Pedro, a quem Jesus Cristo confiou a construção de sua Igreja;
III. a missa e a presença de Cristo: a Igreja reafirmou que n ato da eucaristia ocorria a presença de Jesus no Pão e no Vinho. Essa presença real de Cristo era rejeitada pelos protestantes.
O Concílio de Trento determinou, ainda, a elaboração de um catecismo com os pontos fundamentais da doutrina católica, a criação de seminários para a formação dos sacerdotes e manutenção dos celibatos sacerdotal.
No ano de 1231, a Igreja católica havia criado os tribunais da Inquisição, que, com o tempo, reduziram suas atividades em diversos países. Entretanto, com o avanço do protestantismo, a Igreja reativou, em meados do século XVI, a Inquisição. Esta passou a se encarregar, por exemplo, de organizar uma lista de livros proibidos aos católicos, o Index librorum prohibitorum. Uma das primeiras relações de livros proibidos foi publicada em 1564.
